現在、Ubuntu9.10でScim-Anthyを使っていますが、これの「SCIM入力メソッド設定」で「一般」タブを開き、「入力方式」を「親指シフト入力方式」にするとともに「かな入力」タブで親指シフト配列の「レイアウト」を「NICOLA F型配列」にすれば良かったのです。
ibus-anthyの方はまだUbuntuでは試していないのですが、おそらく同じような設定があるのだと思います。
なお、「システム」−「設定」−「キーボード」で「レイアウト」タブを開き「レイアウトのオプション」ボタンを押し、「Japanese keyboard options」を開き、「NICOLA-F style Backspace」にチェックを入れると右手小指ホームポジション右でのバックスペースが日本語入力でも英字入力でもできるようになります。私はこれで使っています。ウィンドウズではFMV-KB232とJapanistで同様な設定になりますので、同じ使い勝手となります。